ข้อด้อยและจุดอ่อนของการใช้สื่อประสมเพื่อการศึกษา
๑. ค่าใช้จ่าย สื่อประสมเพื่อการศึกษา เป็นสื่อที่มีราคาแพง แม้ว่าเครื่องคอมพิวเตอร์จะมีราคาถูกลง แต่ผู้เรียนก็ต้องลงทุนจ่ายเงินจำนวนมาก เพื่อซื้อสื่อหรือโปรแกรม ในการเชื่อมต่อระบบอินเทอร์เน็ต หรือระบบเครือข่ายอื่นๆ ก็ต้องมีการลงทุนด้านสถานที่ และอุปกรณ์ต่างๆ เพื่อสร้างโครงสร้างพื้นฐาน รองรับการติดต่อในระบบเครือข่าย และต้องลงทุนจ่ายค่าสื่อสารเชื่อมต่อถึงกัน ในราคาแพงเช่นกัน
๒. พื้นฐานทางเศรษฐกิจ และสังคมของประเทศ สืบเนื่องมาจากการพัฒนา และใช้สื่อประสมเพื่อการศึกษา ที่มีปัญหาด้านค่าใช้จ่ายที่สูง ค่าใช้จ่ายดังกล่าวนี้ เป็นภาระแก่สังคมโดยรวมของประเทศไทย ซึ่งจะกระทบต่อค่าใช้จ่ายในการพัฒนาเศรษฐกิจ และสังคม ในด้านอื่น ในแง่ของประโยชน์ที่ได้รับ ผู้ที่จะได้รับประโยชน์จากการใช้จ่ายนี้ ส่วนใหญ่เป็นกลุ่มคนในภาคเมือง ซึ่งมีการพัฒนาศักยภาพทุกด้าน ที่จะสามารถรองรับเทคโนโลยีนี้ ได้ดีกว่าคนในภาคชนบท
๓. การเรียนรู้ สื่อประสมเพื่อการศึกษานี้ เป็นสื่อประเภทอิเลคทรอนิกส์ ซึ่งเป็นการหาความรู้ผ่านประสบการณ์เทียม ไม่ใช่จากการลงมือทำเอง สัมผัส และแก้ปัญหาต่างๆ ตามสภาพความความเป็นจริง การเรียนรู้ทุกอย่าง ย่อมทำได้ตามเงื่อนไข ที่โปรแกรมคอมพิวเตอร์กำหนดไว้เท่านั้น แต่ถึงอย่างไร ก็ไม่สามารถที่จะจำลองโลกที่แท้จริงลงไปไว้ได้ การเรียนรู้ด้วยวิธีนี้ จึงอาจทำให้ผู้เรียนเกิดความรู้ และความเข้าใจเพียงด้านเดียว และมีลักษณะเหมือนกลไก
๔. พัฒนาการของพฤติกรรม และอารมณ์ส่วนบุคคล สื่อประสมเพื่อการศึกษาเป็นสื่อชนิดโต้ตอบได้ โดยผ่านการใช้เมาส์หรือแป้นพิมพ์ ก็จะเกิดการเปลี่ยนแปลงขึ้นบนจอทันที อาจกล่าวได้ว่า ผู้เรียนควบคุมโปรแกรมด้วยปลายนิ้วสัมผัส นักการศึกษา และสื่อมวลชนทั่วไป จึงเกิดความวิตกกันว่า ผู้เรียน โดยเฉพาะเด็กและวัยรุ่น อาจจะคุ้นเคยกับการบังคับสิ่งต่างๆ ให้เกิดขึ้นในชั่วพริบตา โดยไม่ได้ตระหนักว่า ในโลกความเป็นจริง มนุษย์ไม่สามารถบังคับเวลา และกำหนดเงื่อนไขต่างๆ ได้ด้วยปลายนิ้ว
๕. ข้อมูล และเนื้อหา ที่ต้องควบคุม เนื่องจากสื่อประสมในปัจจุบันนี้ ไม่ว่าจะอยู่บนแผ่นซีดีรอม หรือบนอินเทอร์เน็ต ต่างก็มีส่วนเกี่ยวข้องกับธุรกิจอย่างมาก เช่น ธุรกิจข่าวสาร ธุรกิจบันเทิงต่างๆ โดยที่ธุรกิจมักคำนึงถึงผลประโยชน์เป็นหลัก จึงมีเรื่องเกี่ยวกับทางเพศ ความรุนแรง และสิ่งที่ขัดต่อหลักจริยธรรมปรากฏอยู่ในสื่อประสมดังกล่าว ดังนั้น ผู้ปกครองและครู จึงเกิดความวิตกกังวลว่า จะไม่สามารถปกป้องเด็กจากข้อมูลข่าวสารที่เป็นอันตรายเหล่านี้ได้ การนำสื่อประสมมาใช้ส่งเสริมการศึกษา จึงได้รับการวิพากษ์วิจารณ์อย่างมากในปัจจุบัน
๖. พัฒนาการของพฤติกรรมทางสังคม ในขณะที่มีแนวโน้มการใช้สื่อประสมเพื่อการศึกษา ซึ่งเป็นสื่ออิเล็กทรอนิกส์อย่างกว้างขวาง ในระบบการศึกษาของนานาประเทศ ก็เริ่มมีการเตรียมรับมือกับปัญหาที่ว่า เด็กและเยาวชนอาจจะใช้ชีวิตอยู่กับปัญหาสื่ออิเล็กทรอนิกส์คือ จอโทรทัศน์ หรือจอคอมพิวเตอร์มากขึ้น แต่ความสัมพันธ์ต่อครอบครัว เพื่อน และครูเริ่มน้อยลงเรื่อยๆ การที่มนุษย์มีความสัมพันธ์ต่อกันน้อยลงไปเช่นนี้ อาจก่อปัญหาสังคม หรือก่อให้เกิดบุคลิกภาพของประชาชนที่ไม่พึงประสงค์ นักการศึกษา และนักวางแผนการพัฒนาประเทศ จึงเริ่มถกเถียงกันมากขึ้น ในเรื่องที่ว่า ควรจัดระบบการศึกษา โดยคำนึงถึงความสัมพันธ์ระหว่างมนุษย์กับมนุษย์ให้มากขึ้น
๗. เอกลักษณ์ และวัฒนธรรมไทย การใช้สื่อประสมเพื่อการศึกษา จะมีผลต่อการเรียนรู้หรือไม่ ขึ้นอยู่กับคุณภาพของสื่อประสมที่ผลิตขึ้นมา ปัจจุบันนี้ ประเทศไทยเผชิญกับปัญหาที่สำคัญคือ ยังไม่สามารถผลิตสื่อใช้เองได้ในประเทศไทย แต่ต้องนำเข้าจากต่างประเทศ นอกจากนี้ สื่อประสมบนอินเทอร์เน็ต ก็เป็นภาษาอังกฤษแทบทั้งหมด ปัญหานี้ทำให้เกิดความวิตกกังวลว่า คนไทยจะเรียนรู้จากสื่อที่ผลิตโดยต่างประเทศนี้ ย่อมไม่ใช่ความรู้ที่เกี่ยวกับประเทศไทย หรือความรู้ที่ได้จากมุมมองของคนไทย และวัฒนธรรมไทย