การแพทย์แผนไทย เป็นระบบการแพทย์แบบดั้งเดิมของไทย จัดเป็นระบบการแพทย์ แบบองค์รวมระบบหนึ่ง การแพทย์แบบองค์รวม หมายถึง ระบบการแพทย์ ที่ดูแลสุขภาพของผู้ป่วยในทุกๆ ด้าน ไม่ได้มุ่งเน้นการรักษาผู้ป่วยเฉพาะโรค หรือตามอาการ ที่ปรากฏเท่านั้น แต่ยังครอบคลุมไปถึงการป้องกันโรค และการส่งเสริมสุขภาพพร้อมๆ กันไปด้วย
การแพทย์แผนไทยเดิมเคยเรียกกันว่า การแพทย์แผนโบราณเป็นภูมิปัญญา ของบรรพบุรุษไทย ในการบำบัดรักษาความเจ็บป่วย ที่ได้สร้างสมจากการลองผิดลองถูก ผสมผสานเข้ากับความรู้ทางการแพทย์ร่วมสมัย ซึ่งได้รับจากชาวต่างชาติที่เข้ามา ในราชอาณาจักรไทย ตั้งแต่อดีตเรื่อยมา ร่วมกับองค์ความรู้ทางการแพทย์ ที่ปรากฏอยู่ในพระไตรปิฎกแห่งพระพุทธศาสนา หล่อหลอมจนกลายเป็นระบบการแพทย์ ที่มีเอกลักษณ์เฉพาะตัว ตัวอย่างเช่น การนำความรู้ในการบริหารร่างกายแก้ปวดเมื่อย หรือแก้โรคบางอย่าง ผสมผสานเข้ากับศาสตร์โยคะของอินเดีย ประยุกต์เป็นศาสตร์ที่เรียกว่า ฤๅษีดัดตน หรือการประยุกต์เอาสมุนไพรตัวยาดีๆ ของต่างชาติที่ไม่มีในราชอาณาจักรไทย มาใช้ในตำรับยาไทย จนปัจจุบันเกือบจะไม่มีผู้รู้ว่า สมุนไพรชนิดใดเป็นของไทย ชนิดใดเป็นของต่างชาติ เช่น ยาดำ มหาหิงคุ์ โกฐเชียง เทียนเยาวพานี
การแพทย์แผนไทยจึงเป็นศาสตร์แห่งภูมิปัญญาสาขาใหญ่สาขาหนึ่ง อาจแบ่งออกเป็น ๔ แขนง ได้แก่ เวชกรรมไทย เภสัชกรรมไทย การผดุงครรภ์ไทย และการนวดไทย