หอยเป๋าฮื้อเป็นสัตว์ที่มีเพศแยกจากกัน (dioecious) ไม่มีลักษณะของการเป็นกะเทย หรือการมี ๒ เพศในตัวเดียวกัน (hermaphrodite) มีการสืบพันธุ์แบบภายนอก (external fertilization) คือ พ่อและแม่พันธุ์จะปล่อยเซลล์สืบพันธุ์ออกมาปฏิสนธิกันภายนอก ในสภาพตามธรรมชาติจะพบว่า มีอัตราส่วนเพศผู้ต่อเพศเมียเท่ากับ ๑:๑ ขนาดความยาวเปลือกเล็กที่สุดที่พบว่า เข้าสู่ระยะวัยเจริญพันธุ์ในชนิด ฮาลิโอทิส แอสสินินา (H.asinina) และ ฮาลิโอทิส โอวินา (H.ovina) เท่ากับ ๒.๙ และ ๓.๒ เซนติเมตร ตาม ลำดับ ระยะวัยเจริญพันธุ์ของหอยเป๋าฮื้อทั้ง ๒ ชนิดจะอยู่ที่ ๗-๘ เดือน จากการสังเกตการเลี้ยงในระบบการทำฟาร์มบนบกพบว่า หอยในวัยเจริญพันธุ์ที่มีขนาดดังกล่าวจะเป็นเพศผู้มากกว่าร้อยละ ๙๐ หอยเป๋าฮื้อในเขตร้อนสามารถสืบพันธุ์ได้ตลอดทั้งปี แต่จะมีบางช่วงที่มีสัดส่วนการสืบพันธุ์สูง เมื่อนำหอยมาเลี้ยงในสภาพที่มีอาหารอุดมสมบูรณ์ มีคุณภาพน้ำและสิ่งแวดล้อมอื่นๆ ที่เหมาะสม ก็จะสามารถสืบพันธุ์ได้ตลอดปี ในช่วงฤดูการสืบพันธุ์ เราจะสามารถ จำแนกระยะเจริญพันธุ์และเพศของหอยเป๋าฮื้อได้อย่างชัดเจนจากขนาดและลักษณะสีผิวภายนอก ของถุงที่เก็บเซลล์สืบพันธุ์ของหอยเป๋าฮื้อ ซึ่งมีลักษณะรูปร่างคล้ายๆ เขาวัว สามารถมองเห็นได้ โดยการจับหอยหงายท้องขึ้น และเปิดกล้ามเนื้อเท้าทางขวาตอนท้ายของเปลือกออก ถ้าเป็นเพศผู้ จะเห็นส่วนดังกล่าวเป็นสีขาว หรือสีครีม อย่างชัดเจน รังไข่ของเพศเมียเป็นสีเขียวเข้ม แต่มองเห็นไม่ค่อยชัดเจนนัก เพราะคล้ายคลึงกับสีของต่อมน้ำย่อย บริเวณพื้นที่ที่ครอบคลุมส่วนของตับอ่อน (hepatopancrease) เราสามารถนำรูปร่างความนูนของอวัยวะดังกล่าว มาใช้ในการจำแนกระยะความสมบูรณ์เพศ จากการมองด้วยตาเปล่าได้อย่างคร่าวๆ ซึ่งจะเป็นประโยชน์โดยเฉพาะเมื่อต้องการจะเพาะพันธุ์หอยเป๋าฮื้อ