การโคลนนิ่งเริ่มมีขึ้นครั้งแรกใน พ.ศ. ๒๔๙๕ โดยนักวิทยาศาสตร์ชาวอเมริกัน คือ ดร.ทอมัส คิง (Thomas King) และคณะ ซึ่งได้ทำการทดลองโคลนนิ่งกบ โดยการแยกนิวเคลียสของตัวอ่อนกบออกมา และย้ายไปไว้ในไข่กบที่ยังไม่ปฏิสนธิ ซึ่งกำจัดนิวเคลียสออกไปแล้ว ผลปรากฏว่าไข่ดังกล่าว สามารถเจริญเติบโตขึ้นเป็นลูกอ๊อด ต่อมา นักวิจัยคณะนี้ ได้พัฒนาเทคนิคการโคลนนิ่ง ที่เรียกว่า การถ่ายโอนนิวเคลียส (nuclear transfer) ซึ่งวิธีนี้ยังคงเป็นที่นิยมใช้อยู่จนถึงปัจจุบัน ทั้งนี้ วิธีการโคลนนิ่งในช่วงแรกนิยมใช้เซลล์ของตัวอ่อนที่เกิด จากการปฏิสนธิตามธรรมชาติเป็นเซลล์ต้นแบบ ต่อมา นักวิทยาศาสตร์หลายคนได้ทำการทดลองโคลนนิ่งสัตว์เลี้ยงลูกด้วยน้ำนม โดยใช้เซลล์ตัวอ่อนของสัตว์ชนิดต่างๆ เป็นเซลล์ต้นแบบ จนได้ลูกสัตว์โคลนนิ่งเกิดมา ได้แก่ แกะ โค หนูถีบจักร แพะ หนูขาว กระต่าย ลิงวอก ทั้งที่ก่อนหน้านี้นักวิทยาศาสตร์เชื่อกันว่า เซลล์ร่างกายนั้น ไม่สามารถนำมาโคลนนิ่งเพื่อผลิตสัตว์ตัวใหม่ให้เกิดมาได้ แต่จากความพยายามในการวิจัย โดยการใช้เซลล์ร่างกายเป็นเซลล์ต้นแบบ เพื่อการโคลนนิ่ง ผู้บุกเบิกจนประสบความสำเร็จเป็นครั้งแรกของโลก ใน พ.ศ. ๒๕๔๐ คือ ดร.เอียน วิลมุต (Ian Wilmut) และคณะ ซึ่งปฏิบัติงานอยู่ที่สถาบันวิจัยรอสริน ประเทศสกอตแลนด์ ได้รายงานการเกิดมาของ "ดอลลี่" (Dolly) ลูกแกะโคลนนิ่งจากการใช้เซลล์เต้านมของแกะโตเต็มวัยที่มีอายุ ๖ ปีเป็นเซลล์ต้นแบบ จากนั้นเป็นต้นมา นักวิทยาศาสตร์ทั่วโลกได้ศึกษาวิจัยทดลองนำเซลล์จากส่วนต่างๆ ของร่างกายในสัตว์อีกหลายชนิดมาทำเป็นเซลล์ต้นแบบ จนได้ลูกสัตว์เกิดมา เช่น โค กระบือ สุกร แมว ม้า ล่อ กระทิง หนูขาว หนูถีบจักร กระต่าย เฟอร์เร็ต* (ferret)

*สัตว์จำพวกหนึ่ง มีรูปร่างคล้ายพังพอน เลี้ยงไว้สำหรับไล่กระต่าย และหนู