ใน สมัยของพระมหาธรรมราชาลิไท พระองค์ทรงรวบรวมบ้านพี่เมืองน้อง ที่แยกตัวเป็นอิสระ ให้กลับมาเป็นอันหนึ่งอันเดียวกันอีกครั้งหนึ่ง โดยทรงใช้พระพุทธศาสนาเป็นเครื่องมือ ในการสร้างความเป็นเอกภาพของดินแดนแคว้นสุโขทัยของพระองค์ และผูกมัดบ้านเมืองอื่น ให้เป็นพันธมิตรต่อกันอย่างแน่นแฟ้น คือ เมืองแพร่ และเมืองน่าน ซึ่งเป็นนครรัฐอิสระอยู่ รวมไปถึงเมืองหลวงพระบางของพระเจ้าฟ้างุ้มแห่งราชอาณาจักรลาวล้านช้าง ด้วย ศิลาจารึกได้สรรเสริญ พระมหาธรรมราชาลิไทว่า ทรงเป็นพระโพธิสัตว์ ที่จะตรัสรู้เป็นพระพุทธเจ้าในอนาคต พระนาม ธรรมราชา จึงได้รับการถวายให้แด่กษัตริย์สุโขทัย มาตั้งแต่ครั้งนั้น

            หลัง พ.ศ. ๑๙๐๐ พระมหาธรรมราชาลิไททรงพยายามสร้างความเป็นปึกแผ่นให้แก่แคว้นสุโขทัยมาก ขึ้นอีก โดยการนำทัพไปรบ พร้อมทั้งเผยแผ่พระพุทธศาสนาออกไปนอกแคว้นสุโขทัย โดยทางทิศเหนือขึ้นไปยังเมืองแพร่ อยู่ที่เมืองแพร่ ๗ เดือน นำคนเมืองแพร่มาเป็นข้าพระ ที่เมืองศรีสัชนาลัย พระมหาธรรมราชาลิไทมีความใกล้ชิดกับพระยาการเมือง (ผากอง) เจ้าเมืองน่าน จึงมีการส่งพระสงฆ์ไปเผยแผ่พระพุทธศาสนายังเมืองน่าน และมอบวัตถุมงคลทางพระพุทธศาสนา ให้แก่พระยาการเมือง เพื่อใช้ในการสร้างวัดพระธาตุแช่แห้ง ส่วนทางทิศตะวันออก ได้ยกพลไปรบยังบ้านเมือง ในลุ่มแม่น้ำป่าสัก

            การขยายตัวของแคว้นสุโขทัยไปสู่ลุ่มน้ำป่าสัก น่าจะส่งผลกระทบไปถึงบ้านเมือง ในอาณัติของกรุงศรีอยุธยา ที่อยู่ตามลุ่มน้ำสายนี้ สมเด็จพระรามาธิบดีที่ ๑ (พระเจ้าอู่ทอง) จึงยกพลขึ้นมายึดเมืองสรลวงสองแคว (พิษณุโลก) ไว้ได้ และให้เจ้าเมืองสุพรรณภูมิ ซึ่งน่าจะมีความสัมพันธ์ทางเครือญาติกับราชวงศ์สุโขทัยมาก่อน มาครองเมืองสองแควอยู่ชั่วระยะเวลาหนึ่ง อันเป็นการเข้ายึดครองศูนย์ปฏิบัติการรบของสุโขทัย ที่เข้าไปรุกรานบริเวณลุ่มแม่น้ำป่าสัก พระมหาธรรมราชาลิไทได้นิมนต์พระมหาสวามีสังฆราช จากนครพัน เมืองมอญ ที่ริมอ่าวเมาะตะมะ เดินทางมาเมืองสุโขทัย และพระองค์ได้ทรงออกผนวชกับพระสวามีสังฆราช เมื่อ พ.ศ. ๑๙๐๕ ซึ่งน่าจะเป็นช่วงเวลานี้ ที่ได้มีการเจรจาตกลงรับเมืองสองแควคืนจากกรุงศรีอยุธยา โดยพระมหาธรรมราชาลิไทต้องเสด็จไปประทับที่เมืองสองแคว และให้พระมหาเทวี พระขนิษฐาของพระองค์ขึ้น ครองเมืองสุโขทัย ราชบัลลังก์สุโขทัยจึงหมดความศักดิ์สิทธิ์แห่งอำนาจชอบธรรม ที่จะเป็นศูนย์กลางของแว่นแคว้น ที่พระมหาธรรมราชาลิไททรงเพียรพยายามสร้างขึ้นมา

            พระมหาธรรมราชาลิไทประทับอยู่ที่เมือง สองแคว ๗ ปี ประจวบกับเป็นช่วงเวลาที่กรุงศรีอยุธยาเปลี่ยนแผ่นดิน เนื่องจากสมเด็จพระรามาธิบดีที่ ๑ (พระเจ้าอู่ทอง) เสด็จสวรรคต เมื่อ พ.ศ. ๑๙๑๑ และสมเด็จพระราเมศวร ขึ้นเสวยราชสมบัติในปีถัดมา พระมหาธรรมราชาลิไทได้เสด็จกลับเมืองสุโขทัย และระดมไพร่พลเจ้าเมืองต่างๆ ในเขตแคว้นสุโขทัย ที่ยังคงจงรักภักดีอยู่ เตรียมการที่จะดำเนินนโยบายการเมือง ที่จะให้สุโขทัยเป็นศูนย์กลางการปกครองแคว้นอีกครั้งหนึ่ง พระองค์ได้ส่งพระสุมนเถระ ขึ้นไปยังเมืองเชียงใหม่ เมื่อ พ.ศ. ๑๙๑๒ เพื่อ สร้างสัมพันธไมตรี แต่พระองค์ก็ไม่สามารถ พลิกฟื้นอำนาจของเมืองสุโขทัยกลับคืนมาได้อีก เนื่องจากในปีต่อมา พ.ศ. ๑๙๑๓ สมเด็จพระบรมราชาธิราชที่ ๑ (พ่องั่ว) ได้เสด็จขึ้นเสวยราชสมบัติกรุงศรีอยุธยา โดยสมเด็จพระราเมศวรยินยอมถวายราชบัลลังก์ให้ เป็นเวลาที่พระมหาธรรมราชาลิไทเสด็จสวรรคต สมเด็จพระบรมราชาธิราชที่ ๑ (พ่องั่ว) จึงยกทัพเข้ายึดดินแดนของแคว้นสุโขทัยได้ทั้งหมดในปีถัดมา

            ก่อนเสวยราชสมบัติกรุงศรีอยุธยา สมเด็จพระบรมราชาธิราชที่ ๑ (พ่องั่ว) เคยเป็นเจ้าเมืองสุพรรรภูมิ และเคยเสด็จไปครองเมืองสองแคว ราชวงศ์สุพรรณภูมิอาจจะมีสายสัมพันธ์ทางเครือญาติกับราชวงศ์สุโขทัยมา ก่อนแล้ว และเมื่อพระองค์ไปครองเมืองสองแคว ก็อาจจะได้สร้างสายสัมพันธ์กับราชวงศ์สุโขทัยขึ้นใหม่ด้วย ดังนั้น เมื่อพระมหาธรรมราชาลิไทเสด็จสวรรคตลง บ้านเมืองในแคว้นสุโขทัย ก็มีความวุ่นวายแตกแยกกันออกไปอีก การที่พระองค์ยกทัพเข้ายึดแคว้น สุโขทัยได้ ก็ถือเป็นการสร้างความสงบแก่บ้านเมือง ของเครือญาติที่เป็นพันธมิตรกับพระองค์ได้ทางหนึ่ง บ้านเมืองใดที่ไม่ยอมเป็นพันธมิตร พระองค์ ก็จะยกกองทัพเข้าปราบปรามจนราบคาบเกือบ ได้ประกาศตนเป็นพระมหาธรรมราชา อันเป็น ความพยายามสร้างศูนย์อำนาจชอบธรรมแห่งใหม่ของดินแดนสุโขทัย ที่สมเด็จพระบรมราชาธิราชที่ ๑ ยังปราบไม่สำเร็จ ก็เสด็จสวรรคตเสียก่อน

            เมื่อสมเด็จพระบรมราชาธิราชที่ ๑ แห่งราชวงศ์สุพรรณภูมิสวรรคต ราชบัลลังก์กรุงศรีอยุธยาได้ตกเป็นของสมเด็จพระราเมศวร เชื้อสายของพระเจ้าอู่ทอง และพระองค์ต่อมาคื อสมเด็จพระรามราชา โอรสของสมเด็จพระราเมศวร รวมแล้วเป็นระยะเวลานานถึง ๒๑ - ๒๒ ปี ในช่วงเวลานี้ เมืองสุพรรณภูมิเหมือนกับมีการปลีกตัวออกไปจากอำนาจของกรุงศรีอยุธยา แต่กลับมาสร้างความสัมพันธ์กับแคว้นสุโขทัยต่อไป การแลกเปลี่ยนเชื้อพระวงศ์ฝ่ายหญิง เพื่อสมรสกับเชื้อพระวงศ์ของอีกฝ่ายหนึ่ง มีหลักฐานให้เห็นอยู่ตลอดเวลา ดังเช่น พระพุทธรูปในศิลปะแบบอยุธยาตอนต้น (ศิลปะอู่ทอง) ที่พระมหาเทวีศรีจุฬาลักษณ์ พระชายาของพระมหาธรรมราชาธิราช ซึ่งเป็นหลานของพระมหาธรรมราชาลิไท ทรงสร้างถวายแก่วัดบูรพาราม ที่สุโขทัย เมื่อกลางพุทธศตวรรษที่ ๒๐ แสดงให้เห็นว่า พระนางน่าจะเป็นเชื้อสายของสุพรรณภูมิ ตำนานเรื่องพระร่วงไปเมืองจีน มีเนื้อหาคล้ายกับประวัติของเจ้านครอินทร์ ผู้มีชายาเป็นเจ้าหญิงสุโขทัย และภายหลังได้เสวยราชสมบัติกรุงศรีอยุธยา เป็นสมเด็จพระนครินทราธิราช

            นอกจากสายสัมพันธ์โดยการสมรสระหว่างกันแล้ว ทางฝ่ายสุพรรณภูมิได้อาศัยศักดิ์ของการเป็นเครือญาติที่สูงกว่า เข้าครอบงำเจ้านายของฝ่ายสุโขทัย ทั้งโดยการสนับสนุนเครือญาติสุโขทัย ฝ่ายของตน ในการรวบรวมบ้านเมือง ในแคว้นที่แตกแยกกันออกไป หลังจากพระมหาธรรมราชาลิไทสิ้นพระชนม์ ให้รวมกันเป็นกลุ่มเมืองดังเดิม เมืองชากังราวก็คงจะยอมรับอำนาจ จากสุพรรณภูมิในช่วงเวลานี้ การเข้ามาสร้างเมืองใหม่ ภายใต้อิทธิพลของสุพรรณภูมิคือ เมืองกำแพงเพชร บนฝั่งแม่น้ำปิงตรงข้ามกับเมืองนครชุมของสุโขทัยแต่เดิม สร้างพระราชวังจันทน์ ในเมืองชัยนาทบนฝั่งแม่น้ำน่าน ตรงข้ามกับเมืองสรลวงสองแควของสุโขทัย สร้างเมืองพิจิตร บริเวณที่แม่น้ำยมมาบรรจบกับแม่น้ำน่าน ล้วน แต่เป็นการควบคุมจุดยุทธศาสตร์สำคัญของ แคว้นสุโขทัย ทั้งในด้านเส้นทางคมนาคมและ ศูนย์กลางการปกครองท้องที่ ทำให้บ้านเมืองในแคว้นสุโขทัย ต้องพึ่งพิงอยู่กับสุพรรณภูมิ ทั้งทางเศรษฐกิจ และการเมือง ด้วยเหตุนี้ เมื่อสมเด็จพระนครินทราธิราชแห่งสุพรรณภูมิ มีอำนาจเข้าครอบครองกรุงศรีอยุธยา ใน พ.ศ. ๑๙๕๒ จึงเป็นเวลาที่แคว้นสุโขทัยรวมกันกับแคว้นสุพรรณภูมิแล้ว และได้กลายเป็นกลุ่มเมืองเหนือ ตามคำเรียกในพระราชพงศาวดารกรุงศรีอยุธยา

            ตั้งแต่เวลานี้เป็นต้นไป ไม่ปรากฏว่า มีเจ้านายซื้อสายราชวงศ์สุโขทัยพระองค์ใด ที่แสดงแนวคิดว่า จะให้เมืองสุโขทัย หรือเมืองใดเมืองหนึ่ง ในอาณาเขต เป็นที่ตั้งของอำนาจชอบธรรมในการปกครองแว่นแคว้น คือ เป็นราชธานี ที่ตั้งแห่งราชบังลังก์พระมหากษัตริย์ หรือเมืองหลวง ทุกคนจะมุ่งไปที่ราชบังลังก์กรุงศรีอยุธยา เป็นตำแหน่งเป้าหมาย แห่งพระราชอำนาจสูงสุด ที่เจ้านายจากเมืองเหนือ สามารถอ้างสิทธิในการก้าวขึ้นสู่อำนาจชอบธรรมนั้นได้ด้วย