ซากดึกดำบรรพ์ที่เก็บได้ควรนำมาเก็บรักษาไว้อย่างเป็นระบบ ตามขั้นตอนต่างๆ ดังนี้

            ขั้นแรกให้ทำความสะอาดซากดึกดำบรรพ์นั้นด้วยการสกัดเนื้อหินที่ติดอยู่กับซากออกไป โดยใช้ค้อนและสิ่ว หรืออาจใช้เครื่องมือกรอหิน ซึ่งมีลักษณะคล้ายกับเครื่องกรอฟัน ของทันตแพทย์ สำหรับสกัดซากดึกดำบรรพ์ที่เป็นกระดูก หรือเปลือกหอยที่ติดอยู่ในหิน ส่วนซากดึกดำบรรพ์ที่มีขนาดเล็กมาก หรือที่อยู่ในหินปูน หรือหินเชิร์ต อาจใช้สารเคมี จำพวกกรดน้ำส้มเจือจาง ในการละลายหินออกจากซากดังกล่าว ซากดึกดำบรรพ์บางชนิด ค่อนข้างเปราะ แตกหักง่าย เช่น ฟันสัตว์ หรือกระดูกไดโนเสาร์ ควรใช้สารละลายพลาสติก หรือกาวทาเคลือบเสียก่อน หากซากแตกหัก ให้ใช้กาวอีพ็อกซีต่อเชื่อม เมื่อได้ทำความสะอาด และซ่อมแซมเสร็จเรียบร้อยแล้ว ให้จัดเก็บซากดึกดำบรรพ์นั้น ใส่ไว้ในกล่อง หรือถาดพลาสติก หากเป็นซากขนาดใหญ่ เช่น กระดูกไดโนเสาร์ ให้ใส่ถาด หรือวางไว้บนแผ่นไม้ แต่หากเป็นซากขนาดเล็กมาก อาจใส่ไว้ในหลอดแคปซูล หรือเก็บโดยการตัดให้เป็นแผ่นหินบางๆ ก็ได้

เครื่องมือขุดค้นซากดึกดำบรรพ์