การเปลี่ยนแปลงความสำคัญและประโยชน์ของคลองในปัจจุบัน
นับตั้งแต่รัชกาลที่ ๖ แห่งกรุงรัตนโกสินทร์เป็นต้นมาจนถึงปัจจุบัน ความสำคัญของคลองเริ่มลดลง ไม่มีการขุดคลองสายสำคัญๆ เพิ่มขึ้นอีกมากนัก อีกทั้งในระยะหลังๆ คลองที่มีอยู่แต่เดิมเป็นจำนวนมาก บางแห่งไม่ได้รับการดูแลรักษาที่ดีพอ จึงตื้นเขิน หรือน้ำสกปรกเน่าเสีย บางแห่งถูกถม เพื่อขยายถนนที่เป็นแนวขนานไปกับคูคลองให้กว้างขึ้น ประโยชน์ใช้สอยของคลอง จึงมีการเปลี่ยนแปลงไปตามกาลเวลา
คลองที่ไม่ได้รับการดูแลรักษาที่ดีพอ จึงทำให้ตื้นเขิน และเกิดการสะสมของสิ่งปฏิกูลในน้ำ
หากพิจารณาถึงการเปลี่ยนแปลงความสำคัญของคลอง และประโยชน์ใช้สอยของคลองในปัจจุบัน อาจกล่าวเป็นข้อๆ อย่างกว้างๆ ได้ดังนี้
๑. การถมคลองในเขตกรุงเทพฯ เพื่อขยายถนน
คลองหลายแห่งในกรุงเทพฯ ได้ถูกถม เพื่อขยายพื้นที่ของถนนริมคลอง ทำให้ชื่อของคลองหลายแห่ง กลายเป็นเพียงชื่อทางประวัติศาสตร์ ไม่สามารถมองเห็นคลองเหล่านั้นได้อีกต่อไปแล้ว คลองบางแห่งถึงแม้จะไม่ถูกถมทั้งหมด แต่ก็ถูกถมเป็นบางตอน หรือทำให้แคบลง ไม่สามารถใช้เป็นเส้นทางสัญจรทางน้ำได้อีกต่อไป ตัวอย่างเช่น คลองผดุงกรุงเกษม คลองรอบกรุง คลองมหานาค ซึ่งในสมัยก่อน เคยมีเรือแจว หรือเรือถ่อ ใช้ขนส่งสินค้า เช่น ข้าวเปลือก ผัก ผลไม้ ขึ้นล่องไปมาในคลองนั้น ซึ่งในปัจจุบันเรือดังกล่าวไม่มีให้เห็นอีก มีเพียงบางแห่ง ที่เป็นคลองสายยาว ยังคงมีการสัญจรทางน้ำ สำหรับคนในท้องถิ่น ที่อาศัยอยู่เป็นบางช่วงบางตอน เช่น คลองแสนแสบ คลองพระโขนง คลองบางกอกใหญ่ คลองบางกอกน้อย คลองภาษีเจริญ คลองเหล่านี้มีเรือโดยสารประเภทเรือยนต์ และเรือหางยาวแล่นรับส่งผู้โดยสารที่ต้องการเดินทางทางเรือ ในระยะทางไม่ไกลนัก
เรือหางยาวเป็นพาหนะรับส่งผู้โดยสารในคลองบางกอกน้อย
๒. การขุดคลองชลประทาน
การพัฒนาทางด้านการชลประทาน โดยการสร้างเขื่อนขนาดใหญ่ ซึ่งมีอ่างเก็บน้ำ และคลองส่งน้ำ ทำให้ในปัจจุบัน มีการขุดคลองชลประทาน เพื่อส่งน้ำเข้าไปในพื้นที่การเกษตรในจังหวัดต่างๆ เพิ่มมากขึ้น คลองเหล่านี้มักเรียกว่า คลองชลประทานสายนั้นสายนี้ โดยไม่มีชื่อบุคคลเข้ามามีส่วนเกี่ยวข้องด้วย และมีวัตถุประสงค์เพื่อการชลประทานโดยเฉพาะ ไม่ใช่เพื่อประโยชน์ในการสัญจรทางน้ำ ตัวคลองมักขุดเป็นเส้นตรง มีขนาดไม่ใหญ่และไม่ลึกมาก คลองชลประทานบางแห่งอาจก่อสร้างเป็นทางน้ำ โบกทับด้วยซีเมนต์หรือคอนกรีต เพื่อป้องกันการสูญเสียน้ำจากการไหลซึม ลงสู่ใต้ดิน
คลองชลประทาน เป็นคลองขนาดเล็กที่กรมชลประทานขุดขึ้น เพื่อส่งน้ำจากอ่างเก็บน้ำของเขื่อนต่างๆ เข้าไปในไร่นาของเกษตรกร
๓. การใช้ประโยชน์จากคลองเพื่อการท่องเที่ยว
ในปัจจุบันการท่องเที่ยวโดยการนั่งเรือไปตามลำคลอง เพื่อดูวิถีชีวิตความเป็นอยู่ของชาวบ้านที่อาศัยอยู่ตามริมคลอง นับเป็นเสน่ห์อย่างหนึ่งที่ดึงดูดนักท่องเที่ยว ทั้งที่เป็นคนไทยและชาวต่างประเทศ ให้เข้ามาท่องเที่ยวตามลำคลองต่างๆ นอกจากนั้น คลองบางแห่งยังอาจมีการนำเอาสินค้า และอาหารมาขายในเรือ โดยอยู่รวมกันเป็นกลุ่มใหญ่ๆ ที่เรียกว่า "ตลาดน้ำ" ซึ่งกลายเป็นแหล่งท่องเที่ยวที่สำคัญของท้องถิ่น เช่น ตลาดน้ำตลิ่งชัน ที่คลองชักพระ ในเขตตลิ่งชัน กรุงเทพฯ ตลาดน้ำดำเนินสะดวก ที่คลองดำเนินสะดวก ในเขตอำเภอดำเนินสะดวก จังหวัดราชบุรี
ที่จังหวัดสมุทรสงครามซึ่งมีคลองต่างๆ อยู่เป็นจำนวนมากถึงประมาณ ๓๐๐ สาย ก็เป็นแหล่งท่องเที่ยวทางเรือ ที่นักท่องเที่ยวนิยมเดินทางนั่งเรือไปตามลำคลองต่างๆ เพื่อดูวิถีชีวิตของชาวบ้านในท้องถิ่น รวมทั้งตลาดน้ำซึ่งมีอยู่หลายแห่ง เช่น ตลาดน้ำอัมพวา ในคลองอัมพวา และที่นิยมกันมากในปัจจุบัน คือ การนั่งเรือไปชมหิ่งห้อย ซึ่งเป็นแมลงชนิดหนึ่ง ที่ชอบเกาะอยู่ตามต้นลำพู ริมฝั่งคลอง แมลงชนิดนี้จะส่งแสงระยิบระยับเป็นประกายน่าชมในตอนกลางคืน เป็นการชมความงามตามธรรมชาติอย่างหนึ่ง ซึ่งปัจจุบันหาดูที่อื่นได้ยากแล้ว
๔. มาตรการในการอนุรักษ์และรักษาความสะอาดของคลอง
การขยายตัวของเมืองและเขตชุมชนในกรุงเทพฯ ทำให้คลองเป็นจำนวนมากตื้นเขิน หรือถูกถม เพื่อขยายพื้นที่ถนน แต่ถึงกระนั้น ก็ยังคงมีคลองเหลืออยู่เป็นจำนวนไม่น้อย จากการสำรวจของสำนักผังเมือง กรุงเทพมหานคร ระบุว่า ปัจจุบันมีคลองอยู่ในกรุงเทพฯ รวมทั้งสิ้น ๒๒๘ สาย แบ่งเป็นคลองที่อยู่ทางฝั่งพระนคร ๑๒๕ สาย และฝั่งธนบุรี ๑๐๓ สาย คลองเหล่านี้หลายแห่งตื้นเขินขึ้น จนไม่สามารถใช้เป็นเส้นทางสัญจรทางน้ำได้อีกต่อไป ประโยชน์ที่ได้ คือ เป็นทางระบายน้ำ เมื่อเวลามีฝนตกหนัก รวมทั้งเป็นทางระบายน้ำทิ้งจากบ้านเรือนประชาชน ที่อยู่ใกล้เคียงลำคลองสายนั้น ออกสู่แม่น้ำสายใหญ่ต่อไป