สาเหตุที่จะทำให้น้ำใน แม่น้ำลำคลอง และแหล่งน้ำธรรมชาติอื่นๆ กลายเป็นน้ำเสีย กล่าวโดยสรุปได้แก่
๑. สิ่งปฏิกูลจากบ้านเรือน
ที่อยู่อาศัยของชนที่อยู่รวมกันเป็นชุมชน เป็นย่านที่อยู่อาศัย และย่านการค้าขาย ในอาณาบริเวณดังกล่าวนี้ ย่อมจะมีน้ำทิ้งจากการอุปโภค และบริโภค เช่น น้ำจากการซักล้าง และการทำครัว น้ำจากส้วมที่ไม่ได้ผ่านการบำบัดให้มีคุณภาพตามมาตรฐาน และอยู่ไม่ไกลจากแม่น้ำลำคลอง น้ำทิ้งเช่นนี้จะทำให้เกิดน้ำเน่า น้ำเสียได้
บ้านเรือนที่ไม่มีระบบบำบัดน้ำเสีย ก็จะระบายสิ่งปฏิกูลลงสู่แหล่งน้ำ
๒. สิ่งปฏิกูลจากการเกษตรกรรม
ในการเพาะปลูกปัจจุบันนี้ เกษตรกรใช้สารเคมีมากขึ้น เช่น ปุ๋ย สารเคมีกำจัดศัตรูพืช ซึ่งบางชนิดสลายตัวยาก สารอาจจะตกค้างอยู่ตามพืชผักผลไม้ ก่อให้เกิดอันตรายแก่ผู้บริโภค และบางส่วนอาจจะกระจายอยู่ตามพื้นดิน เมื่อฝนตก น้ำฝนจะชะล้างสิ่งเหล่านี้ลงแม่น้ำลำคลอง เป็นเหตุให้กุ้ง ปลา หอย ปู และสัตว์น้ำอื่นๆ เป็นอันตรายถึงตายได้ ถ้าสัตว์น้ำได้รับสารเคมีบางชนิดในปริมาณไม่มาก ก็อาจสะสมอยู่ในตัวสัตว์ เมื่อคนจับสัตว์น้ำเหล่านี้มาทำอาหาร สารเคมีนั้นก็จะเข้าไปสะสมอยู่ในร่างกายของคนอีกทอดหนึ่ง
น้ำเสียเกิดขึ้นได้จากการเกษตรกรรม โดยฝนจะชะล้างสารเคมีลงแม่-น้ำลำคลอง เป็นอันตรายต่อสัตว์น้ำ
บริเวณเพาะ ปลูกอาจมีมูลสัตว์ปนอยู่ เมื่อฝนตก หรือเมื่อใช้น้ำรดพืชผักผลไม้ น้ำก็จะชะล้างสิ่งปฏิกูล คือ มูลสัตว์นี้ลงสู่แม่น้ำลำคลอง ในมูลสัตว์อาจมีเชื้อโรคและพยาธิปนอยู่ เป็นเหตุให้ผู้ใช้แม่น้ำลำคลองได้รับเชื้อโรคจากสิ่งปฏิกูลนั้นได้
๓. สิ่งปฏิกูลจากการอุตสาหกรรม
โรงงานอุตสาหกรรม ทั่วไปใช้น้ำในปริมาณมากน้อยแตกต่างกัน น้ำที่ใช้ทำความสะอาดเครื่องมือ และพื้นที่ในโรงงาน และน้ำทิ้งจากโรงงาน จะเป็นน้ำเสียไหลลงสู่แม่น้ำลำคลอง บางโรงงานอาจมีวัสดุเหลือจากผลิตภัณฑ์อุตสาหกรรมบางประเภท ปนไปกับน้ำทิ้ง ทั้งหมดนี้เป็นเหตุให้น้ำในแม่น้ำลำคลองเน่า ส่งกลิ่นเหม็น มีสารพิษปะปนอยู่ กลายเป็นมลภาวะที่เป็นพิษต่อสิ่งแวดล้อมบริเวณนั้น
สิ่งปฏิกูลจากโรงงานอุตสาหกรรม เป็นเหตุให้น้ำเน่าเสียกลายเป็นมลภาวะที่เป็นพิษต่อสิ่งแวดล้อมบริเวณนั้น
น้ำมันจากโรงงานอุตสาหกรรม ก็มีส่วนทำความเสียหายต่อสิ่งแวดล้อม หากใช้น้ำมัน โดยขาดความระมัดระวัง เช่น การเทน้ำมันหล่อลื่นที่ใช้แล้วลงน้ำ ตลอดจนการทำความสะอาดโรงงาน น้ำทิ้งจากโรงงานอุตสาหกรรม ที่ปล่อยลงแม่น้ำลำคลองเช่นนี้ จะมีคราบน้ำมันลอยเป็นฝ้า ทำให้ก๊าซออกซิเจนในอากาศไม่สามารถจะละลายลงไปในน้ำ มีผลทำให้สิ่งมีชีวิตที่อาศัยอยู่ในน้ำขาดก๊าซออกซิเจน ยิ่งกว่านั้นถ้ามีคราบน้ำมันคลุมผิวพื้นน้ำ แสงแดดส่องลอดลงไปใต้น้ำไม่ได้ ทำให้พืชในน้ำบางชนิดไม่สามารถสร้างอาหาร และเจริญเติบโตแล้ว ยังมีผลเสียต่อเนื่อง ทำให้สัตว์ในน้ำตายด้วย เพราะพืชเล็กๆ ในน้ำ ซึ่งเป็นอาหารของสัตว์ตาย เพราะน้ำเสีย
พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวทรงสนพระทัยเรื่องแหล่งน้ำ
หล่อเลี้ยงอาณาประชาราษฎร์
เ หมือง แร่เป็นอุตสาหกรรมอีกประเภทหนึ่ง ที่ทำให้คุณภาพของน้ำเสียไป ถ้าเหมืองแร่นั้น เป็นเหมืองฉีด น้ำจากเหมืองฉีดจะพาตะกอน ซึ่งเกิดจากดิน หิน ทราย และเศษแร่ ไหลปนไปกับน้ำที่ชะแร่ลงสู่แม่น้ำ หรือทะเล ทำให้ลำน้ำตื้นเขิน ทับถม และทำลายแหล่งอาหารของสัตว์น้ำ
จะ เห็นว่า ถ้าไม่มีการระมัดระวังในการใช้น้ำ ไม่ว่าจะเป็นน้ำประปา หรือน้ำในแม่น้ำลำคลอง จะก่อให้เกิดน้ำเสียต่อเนื่องกัน เป็นประดุจลูกโซ่
พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวทรง สนพระทัยต่อน้ำธรรมชาติ ที่หล่อเลี้ยงอาณาประชาราษฎร์ ดังจะเห็นได้ว่า ทุกแห่งที่พระองค์เสด็จเยี่ยมเยียนราษฎร จะทรงให้ความสำคัญต่อสายน้ำ อันเป็นเส้นชีวิตของประชาชน ว่าจะอำนวยประโยชน์สุขให้แก่ราษฎรมากน้อยเพียงใด ด้วยเหตุนี้จึงได้มีคำว่า "น้ำพระทัยจากในหลวง"