การเข้าไปมีส่วนร่วมในการประกอบพิธีกรรมในราชสำนักของพระสงฆ์อนัมนิกาย และต่อมา ได้รวมเอาพระสงฆ์จีนนิกายเข้าไปด้วย แสดงถึงความจงรักภักดีของคณะสงฆ์ทั้ง ๒ นิกาย พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวจึงโปรดเกล้าฯ ให้คณะสงฆ์เหล่านี้ ได้รับพระราชทานสมณศักดิ์ในทำนองเดียวกันกับพระสงฆ์มอญ ที่ได้รับมาแล้วในรัชกาลที่ ๔ แต่เนื่องจากพระสงฆ์จีนนิกาย และอนัมนิกาย นับถือพระพุทธศาสนานิกายมหายาน และประกอบพิธีกรรมที่ต่างไปจากพระสงฆ์ฝ่ายเถรวาท คือ พระไทย และพระมอญ จึงโปรดเกล้าฯ ให้มีทำเนียบสมณศักดิ์สำหรับพระสงฆ์ญวนขึ้นต่างหาก และโปรดเกล้าฯ ให้มีสมณศักดิ์ สำหรับพระสงฆ์จีนด้วยในคราวเดียวกัน อีกทั้งให้เลือกพระสงฆ์ ที่มีคุณสมบัติเหมาะสม ขึ้นเป็นพระครู พระปลัด รองปลัด (เทียบด้วยสมุห์) ผู้ช่วยปลัด (เทียบด้วยใบฎีกา) และได้พระราชทานสัญญาบัตร มีราชทินนามและพัดยศ ซึ่งจำลองแบบมาจากพัดยศ ของพระสงฆ์ฝ่ายเถรวาท แต่มีขนาดเล็กกว่า คณะสงฆ์อนัมนิกายเดิมให้สังกัดกรมท่าซ้าย ในความดูแลของพระยาโชฎึกราชเศรษฐี (ปั้น) และมีขุนอนัมสังฆการ เป็นผู้ดูแลพระสงฆ์ฝ่ายอนัมนิกายควบคู่กันไป โดยให้เป็นผู้แทนติดต่อกับสำนักพระราชวัง กรมธรรมการ และกรมท่าซ้าย ต่อมาจึงได้โปรดเกล้าฯ ให้โอนพระสงฆ์ทั้งฝ่ายอนัมนิกาย และจีนนิกาย มาขึ้นกับกระทรวงธรรมการ เมื่อ พ.ศ. ๒๔๔๑

พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว พระราชทานพัดยศประจำตำแหน่งแก่คณะสงฆ์อนัมนิกาย

            ปัจจุบันวัดญวนมีสถานะเป็นองค์กรทางศาสนาเทียบเท่ากับมหาเถรสมาคม ภายใต้การบังคับบัญชา ของสมเด็จพระสังฆราช