ประวัติการแพทย์ไทยเริ่มตั้งแต่คนไทยอยู่รวมกันเป็นหมู่ในแผ่นดินที่เป็นประเทศไทยปัจจุบัน มีหลักฐานการขุดพบเขากวาง ซึ่งเป็นสัญลักษณ์เกี่ยวกับการแพทย์ที่จังหวัดกาญจนบุรี นครปฐม อุดรธานี ราชบุรี ซึ่งตรงกับสัญลักษณ์ที่ผนังถ้ำในเทือกเขาพีรีนีส ประเทศฝรั่งเศส ในตอนกลางของทวีปยุโรป นอกจากนี้ยังขุดพบการเจาะรูในกะโหลก ซึ่งเชื่อว่ากระทำเพื่อรักษาโรคปวดศีรษะอย่างแรง
ซามูเอล เรโนลดส์ เฮ้าส์
เนื่องจากการขุดพบมีแต่กระดูกเท่านั้น ส่วนเนื้อเยื่อเน่าเปื่อยไปหมด จึงไม่สามารถบอกได้ว่า ในสมัยก่อนประวัติศาสตร์จะมีโรคเกิดขึ้นมากน้อยเพียงไรกับอวัยวะภายในของร่างกาย เช่น วัณโรคที่เกิดกับปอด ย่อมเน่าเปื่อยไปพร้อมกับอวัยวะ นอกจากนี้ ยังมีพิธีไสยศาสตร์เข้ามาเกี่ยวข้อง เช่น "พิธีเสียกบาล" ซึ่งทำกับคนมีเคราะห์
อิทธิพลการแพทย์ของอินเดียและจีนได้เข้ามาเกี่ยวข้อง คนไทยรู้จักท่านชีวกโกมารภัจจ์ แพทย์ประจำพระองค์สมเด็จพระสัมมาสัมพุทธเจ้า ซึ่งได้รับยกย่องให้เป็นบรมครูของการแพทย์แผนโบราณของไทย เรารู้จากประวัติของท่านว่า ท่านเรียนแพทย์ที่เมืองตักกสิลา ใช้เวลาเรียน ๗ ปี ซึ่งตามกำหนดต้องใช้เวลาถึง ๑๔ ปี จึงจะสำเร็จ แสดงว่าวิชาแพทย์นั้น เป็นวิชาที่เรียนสำเร็จยากมาแต่โบราณกาล ส่วนหมอจีนที่รู้จักกันดีคือ หมอฮัวโต๋ ในหนังสือสามก๊กได้รับการยกย่องว่าเป็นหมอผ่าตัด เช่น ผ่าตัดแผลเกาทัณฑ์ที่ต้นแขนของกวนอู ยาระงับความรู้สึกในสมัยนั้น ได้แก่ สุรา ลำโพง การแพทย์ของอินเดียส่วนใหญ่จะเป็นการรักษาทางยา ส่วนการแพทย์จีนมีการผ่าตัดมากกว่าของอินเดีย
แดน บีช บรัดเลย์
คนไทยเรารู้จักรักษาสุขภาพอนามัยมาตั้งแต่โบราณ เช่น การรักษาโรคด้วยสมุนไพร แต่การศึกษาเกี่ยวกับการรักษาโรคต่างๆ ยังไม่แพร่หลาย การแพทย์ปัจจุบันเริ่มขึ้นเมื่อไทยติดต่อกับประเทศทางตะวันตกใน พ.ศ. ๒๐๕๔ ในแผ่นดินสมเด็จพระรามาธิบดีที่ ๒ พวกแรกที่เข้ามาคือ พวกโปรตุเกส คนเดินทางสมัยนั้น นอกจากลูกเรือ และนักสอนศาสนาแล้ว ยังมีแพทย์รวมอยู่ด้วย ต่อมาในแผ่นดินสมเด็จพระนารายณ์มหาราช ซึ่งตรงกับยุคฟื้นฟู ศิลปวิทยาของยุโรป (คริสต์ศตวรรษที่ ๑๗) มีฝรั่งชาติต่างๆ เดินทางมาติดต่ออีกมาก เช่น สเปน ฝรั่งเศษ เยอรมนี
การแพทย์ของตะวันตก เริ่มแต่สมัยฮิปโปเครตีส เมื่อ ๕๐๐ ปีก่อนคริสต์ศักราช ปลายคริสต์ศตวรรษที่ ๑๖ มีความเจริญก้าวหน้าทางวิทยาศาสตร์ เช่น การค้นพบกล้องโทรทรรศน์ของกาลิเลโอ วิลเลียม ฮาวีย์ พบการไหลเวียนของเลือด แพทย์ที่เข้ามาในสมัยพระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัว และเป็นที่รู้จักกันดี คือ หมอบรดเลย์ และหมอเฮาส์ ท่านทั้งสอง ตั้งร้านขายยา และนำการป้องกันโรคผีดาษ มาใช้ ในรัชสมัยของพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้พระบรมวงศานุวงค์ และข้าราชการจัดตั้งโรงพยาบาลเพื่อเป็นทานแก่ประชาชนทั่วไป ขณะที่กำลังดำเนินการอยู่ เจ้าฟ้าศิริราชกกุธภัณฑ์ได้สิ้นพระชนม์ลง ภายหลังการพระราชทานเพลิงพระศพ ได้นำไม้และวัสดุจากเมรุมาสร้างโรงพยาบาลในที่รกร้างว่างเปล่าบริเวณวังหลัง ใช้ชื่อว่า "โรงศิริราชพยาบาล" เพื่อรักษาโรคให้แก่ประชาชนโดยไม่คิดเงิน มีการรักษาทั้งทางแผนปัจจุบันและแผนโบราณ นอกจากการรักษาโรคแล้ว ยังตั้งโรงเรียนแพทย์ มีกำหนดเวลาเรียน ๓ ปี ใน พ.ศ. ๒๔๓๕ มีนักเรียนแพทย์เรียนสำเร็จรุ่นแรก ๙ คน ในเวลาต่อมาสมเด็จพระศรีพัชรินทราบรมราชินีนาถ ทรงโปรดเกล้าฯ ให้ตั้งโรงเรียนผดุงครรภ์ขึ้นในปี พ.ศ. ๒๔๓๙
พ.ศ. ๒๔๖๔ เริ่มยุคทองของการแพทย์แผนปัจจุบัน โดยสมเด็จพระราชบิดาเจ้าฟ้ากรมหลวงสงขลานครินทร์ ได้ทรงสละพระราชทรัพย์ส่วนพระองค์เป็นจำนวนมาก สร้างสถานศึกษา และมอบทุนการศึกษาให้คนไทยไปศึกษาวิชาแพทย์ยังต่างประเทศ มีการติดต่อกับมูลนิธิร็อคกีเฟลเลอร์ ให้ช่วยส่งอาจารย์มาร่วมสอนตามหลักสูตรสากล มูลนิธินี้ได้ให้การช่วยเหลือถึง ๑๒ ปี การแพทย์แผนโบราณจึงได้หมดไป ในสมัยของพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวรัชกาลปัจจุบัน มีโรงเรียนแพทย์ขยายขึ้นทั้งในกรุงเทพฯ และทุกภาคของประเทศไทย นอกจากนี้การแพทย์ของไทยยังเป็นที่ยอมรับกันทั่วโลกอีกด้วย