มหามกุฏราชวิทยาลัย
หลักสูตรการเรียนการสอนของมหามกุฏ-ราชวิทยาลัยในระยะแรกจัดเป็น ๒ ส่วน คือ
ส่วนที่ ๑ จัดตั้งโรงเรียนสอนพระปริยัติธรรมแก่ภิกษุสามเณรตามหลักสูตรขึ้นตามพระอารามหลวงในฝ่ายธรรมยุติกนิกาย
ส่วนที่ ๒ ได้ตั้งโรงเรียนสอนหนังสือไทยสำหรับสอนเด็กวัดและเด็กทั่วไป
ในการพัฒนาการศึกษาของคณะสงฆ์ฝ่ายธรรมยุติกนิกายนั้น สมเด็จพระมหาสมณเจ้า กรมพระยาวชิรญาณวโรรส มีพระดำรัส ที่จะพัฒนาการศึกษาถึงขั้นมหาวิทยาลัย ดังที่ พระพรหมมุนี (ผิน สุวจเถร) ประธานสภาการศึกษามหามกุฏราชวิทยาลัยรูปแรก ได้เล่าไว้ว่า
"ผู้ที่อยู่ทันพระองค์ท่าน ในสมัยที่ยังทรงพระชนม์อยู่ และได้ฟังพระปรารภเรื่อง (ตั้งมหาวิทยาลัย) นี้แล้ว ย่อมระลึกได้ดีว่า ทรงกะจะตั้งมหาวิทยาลัยขึ้น ที่บริเวณตลาดยอด บางลำพู และจะจ้างชาวต่างประเทศสอนภาษาอังกฤษ ในวัดบวรนิเวศวิหาร แต่ดำเนินไปได้เพียงชั่วคราว เนื่องจากสมเด็จพระมหาสมณเจ้าฯ พระองค์นั้นทรงมีภารกิจในการบริหารคณะสงฆ์ และรจนาแบบเรียนพระปริยัติธรรมเป็นอันมาก จึงไม่ทันได้ดำเนินงานจัดตั้งมหาวิทยาลัยพระพุทธศาสนาขึ้นได้ ในสมัยของพระองค์"
พระพรหมมุนี (ผิน สุวจเถร)
อย่างไรก็ตาม ต่อมาใน พ.ศ. ๒๔๘๘ ก็ได้เกิด "สภาการศึกษามหามกุฏราชวิทยาลัย" อันเป็นมหาวิทยาลัยพระพุทธศาสนา โดยมีสมเด็จพระสังฆราชเจ้า กรมหลวงวชิรญาณวงศ์ ขณะทรงดำรงพระสมณศักดิ์เป็น สมเด็จพระวชิรญาณวงศ์ ทรงเป็นนายกกรรมการมหามกุฏราชวิทยาลัย ได้มีมติให้จัดตั้งมหาวิทยาลัยพระพุทธศาสนาขึ้น เรียกว่า "สภาการศึกษามหามกุฏราชวิทยาลัย มหาวิทยาลัยพระพุทธศาสนาแห่งประเทศไทย" ซึ่งเป็นกิจการส่วนหนึ่ง ของมหามกุฏราชวิทยาลัย โดยประกาศตั้งเมื่อวันที่ ๓๐ ธันวาคม พ.ศ. ๒๔๘๘
สภาการศึกษามหามกุฏราชวิทยาลัยในระยะเริ่มตั้งอยู่ที่ อาคารหอสมุดมหามกุฏราชวิทยาลัย หน้าวัดบวรนิเวศวิหาร เปิดรับสมัครภิกษุสามเณร เข้าศึกษาครั้งแรกเมื่อวันที่ ๑๕ สิงหาคม พ.ศ. ๒๔๘๙ ปรากฏว่า มีภิกษุสามเณรสมัครเข้าศึกษารุ่นแรก เพียง ๓๕ รูป โดยได้ทำพิธีเปิดเรียน เป็นปฐมฤกษ์ เมื่อวันที่ ๑๖ กันยายน พ.ศ. ๒๔๘๙ ต่อมาย้ายมาเรียนที่อาคารหลังใหม่ ในบริเวณวัดบวรนิเวศวิหาร เมื่อ พ.ศ. ๒๕๐๑
ในคำกล่าวตอบของพระพรหมมุนี ประธานสภาการศึกษามหามกุฏราชวิทยาลัยเมื่อวันที่ ๑๖ กันยายน พ.ศ. ๒๔๘๙ ซึ่งเป็นวันเปิดสภาการศึกษา ทำให้ได้ทราบว่า รัชกาลที่ ๕ โปรดเกล้าฯ พระราชทานพระราชทรัพย์บำรุงการศึกษา ของสภาการศึกษามหามกุฏราชวิทยาลัยเป็นประจำทุกปี ปีละ ๖๐ ชั่ง หรือ ๔,๘๐๐ บาท และบำรุงการศึกษาของมหาธาตุวิทยาลัย ปีละ ๘๐ ชั่ง หรือ ๖,๔๐๐ บาท ด้วยเหตุนี้ สภาการศึกษามหามกุฏราชวิทยาลัยและมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัยจึงมีคำว่า "ในพระบรมราชูปถัมภ์" ต่อท้ายเสมอ
สภาการศึกษามหามกุฏราชวิทยาลัยในสมัยเริ่มตั้งและเปิดการศึกษาระดับปริญญาตรีนั้นมีอยู่คณะเดียวคือ "คณะศาสนศาสตร์" เช่นเดียวกับที่มหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย ซึ่งเมื่อเริ่มเปิดการศึกษาระดับปริญญาตรีนั้นมีอยู่คณะเดียวเช่นกัน คือ "คณะพุทธศาสตร์" สำหรับนักศึกษาที่จบการศึกษาระดับศาสนศาสตรบัณฑิตรุ่นแรก ของสภาการศึกษามหามกุฏราชวิทยาลัย มีเพียง ๘ รูป ส่วนที่มหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัยมีนักศึกษาที่ศึกษาจบเป็นพุทธศาสตรบัณฑิตรุ่นแรกเพียง ๖ รูป
ต่อมาสภาการศึกษามหามกุฏราชวิทยาลัยได้ขยายการศึกษาระดับปริญญาตรีออกไปเป็น ๔ คณะ คือ คณะศิลปศาสตร์ คณะศาสนาและปรัชญา คณะสังคมศาสตร์ และคณะศึกษาศาสตร์ ในส่วนของมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัยก็ขยายการศึกษา ระดับปริญญาตรีออกไปเป็น ๔ คณะเช่นกัน คือ คณะพุทธศาสตร์ คณะครุศาสตร์ คณะมนุษยศาสตร์ และคณะสังคมศาสตร์ มหามกุฏราชวิทยาลัยได้ขยายการศึกษาไปต่างจังหวัด โดยตั้งเป็น "วิทยาเขต" ปัจจุบันมีวิทยาเขต ๕ แห่ง คือ
๑. วิทยาเขตมหาวชิราลงกรณราชวิทยาลัย จังหวัดพระนครศรีอยุธยา
๒. วิทยาเขตสิรินธรราชวิทยาลัยในพระราชูปถัมภ์ จังหวัดนครปฐม เดิมคือ วิทยาเขตอ้อมน้อย
๓. วิทยาเขตอีสาน วัดศรีจันทร์ อำเภอเมืองฯ จังหวัดขอนแก่น
๔. วิทยาเขตล้านนา วัดเจดีย์หลวง อำเภอเมืองฯ จังหวัดเชียงใหม่
๕. วิทยาเขตศรีธรรมาโศกราช วัดมหาธาตุ จังหวัดนครศรีธรรมราช ซึ่งได้ตั้ง "บัณฑิตวิทยาลัย" เพื่อขยายการศึกษา ถึงระดับปริญญาโทและปริญญาเอก