ในสมัยอยุธยา มีกล่าวถึงเรือพระที่นั่งอยู่บ้าง ตั้งแต่รัชกาลสมเด็จพระชัยราชาธิราช เมื่อพระองค์เสด็จไปเมืองเชียงไกรเชียงกราน พ.ศ. ๒๐๘๑ ปรากฏชื่อเรือ ๒ ลำ ในกระบวนกองทัพเรือ คือ เรืออ้อมแก้วแสนเมืองมา และเรือไกรแก้ว ซึ่งโดนพายุเสียหาย และต่อมาในรัชกาลสมเด็จพระมหาจักรพรรดิ์ พ.ศ. ๒๐๙๑ เมื่อครั้งที่ทรงพระผนวชอยู่นั้น ขุนพิเรนทรเทพได้ส่งเรือพระที่นั่งไชยสุพรรณหงส์ ไปรับที่วัดราชประดิษฐาน เพื่อนิมนต์ให้ลาสิกขาบท และขึ้นเสวยราชย์ และใน พ.ศ. ๒๐๙๕ โปรดเกล้าฯให้แปลงเรือแซงเป็นเรือไชย และเรือศีรษะสัตว์
ต่อมาในรัชกาลสมเด็จพระนารายณ์มหาราช ปรากฏว่า มีเรือพระที่นั่ง คือ เรือพระที่นั่งอลงกตนาวา เรือพระที่นั่งศรีสมรรถไชย เรือพระที่นั่งพระครุฑพาหะ เรือพระที่นั่งชลวิมานกาญจนบวรนาวา เรือพระที่นั่งศรีสุพรรณหงส์ นอกจากนี้มีเรือกระบวนซึ่งได้แก่ เรือดั้ง เรือกัน เรือไชย เรือรูปสัตว์ และเรือขนาน
รัชกาลสมเด็จพระเพทราชา ปรากฏชื่อเรือพระที่นั่งไกรสรมุขพิมาน และเรือพระที่นั่งบัลลังก์ม่านทอง ซึ่งชื่อหลังนี้เข้าใจว่า เป็นการบอกลักษณะเรือมากกว่า ที่จะเป็นชื่อ รัชกาลสมเด็จพระศรีสรรเพชญที่ ๘ (พระเจ้าเสือ) มีเรือพระที่นั่งมหานาวาท้ายรถ และเรือพระที่นั่งเอกไชย ส่วนรัชกาลสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวบรมโกศ มีเรือพระที่นั่งไกรสรมุขพิมาน และศรีสมรรถไชย
ภาพเรือต่างๆ ในรัชสมัยสมเด็จพระนารายณ์มหาราช แห่งกรุงศรีอยุธยาวาดโดยศิลปินชาวฝรั่งเศสในคริสต์ศตวรรษที่ ๑๗
(ที่มา : หนังสือกระบวนพยุหยาตราชลมารค สมโภชกรุงรัตนโกสินทร์๒๐๐ ปี พุทธศักราช ๒๕๒๕)
ในสมัยธนบุรี รัชกาลสมเด็จพระเจ้าตากสินมหาราช ปรากฏชื่อเรือพระที่นั่งคือ
๑. เรือพระที่นั่งสุวรรณพิชัยนาวาท้ายรถ มีขนาดยาว ๑๗ วา ปากกว้าง ๓ วาเศษ ใช้พลกรรเชียง ๒๙ คน
๒. เรือพระที่นั่งกราบ มีขนาด ๑๑ วา ถึง ๑๓ วา ใช้พลพาย ๔๐ คน
ในสมัยรัตนโกสินทร์ รัชกาลพระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกมหาราช รัชกาล ที่ ๑ มีเรือพระที่นั่งปรากฏชื่อดังนี้ คือ
๑. เรือพระที่นั่งบัลลังก์แก้วจักรพรรดิ์
๒. เรือพระที่นั่งสวัสดิชิงชัย
๓. เรือพระที่นั่งบัลลังก์บุษบกพิศาล
๔. เรือพระที่นั่งพิมานเมืองอินทร์
๕. เรือพระที่นั่งบัลลังก์ทินกรส่องศรี
๖. เรือพระที่นั่งสำเภาทองท้ายรถ
๗. เรือพระที่นั่งมณีจักรพรรดิ
๘. เรือพระที่นั่งศรีสมรรถไชย ซึ่งโปรดให้สร้างใหม่ กับเรือกระบวนอื่นๆ
การเสด็จเลียบพระนคร จัดเป็นส่วนหนึ่ง ในพระราชพิธีบรมราชาภิเษก เนื่องมาแต่พิธีที่ทำในพระราชฐาน มีการเสด็จออกท้องพระโรง ให้ข้าราชการทั้งปวงได้มีโอกาสเข้าเฝ้าทั่วหน้า เมื่อเสร็จการพิธีในพระราชฐาน จึงเสด็จออกเลียบพระนคร เพื่อให้ประชาชนได้มีโอกาสเข้าเฝ้าทั่วหน้ากันด้วย แต่ประเพณีการเลียบพระนครแห่เสด็จพระเจ้าแผ่นดิน เป็นกระบวนพยุหยาตราอย่างใหญ่ คล้ายกับยกกองทัพ ผิดกับกระบวนแห่เสด็จในการพิธีอื่นนั้น น่าจะสันนิษฐานได้ว่า ประเพณีโบราณเป็นการเสด็จเลียบเมืองรายรอบมณฑลราชธานี โดยทางบกบ้าง ทางเรือบ้าง และประทับรอนแรมไปหลายวัน จนกว่าจะรอบมณฑลราชธานี เพื่อบำรุงความสามิภักดิ์ และให้ประจักษ์พระเดชานุภาพแก่ประชาชนทั้งหลาย ระยะต่อมา เห็นเป็นการลำบาก โดยมิจำเป็น จึงย่นระยะทางลงมาเป็นเพียงเสด็จเลียบพระนครราชธานี
การเสด็จเลียบพระนคร ในสมัยรัตนโกสินทร์ เลียบพระนครทางเรือเคยมีแค่ ๒ ครั้ง คือ ในรัชกาลที่ ๑ พระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกมหาราช เมื่อสร้างพระนคร และเครื่องเฉลิมพระราชอิสริยยศต่างๆ รวมทั้งเรือกระบวนแห่ เสด็จสำเร็จ แล้วทำการพระราชพิธีบรมราชาภิเษกเต็มตามตำรา เมื่อ พ.ศ. ๒๓๑๘ จึง เสด็จเลียบพระนคร ทั้งทางบก และทางเรือครั้งหนึ่ง กับรัชกาลที่ ๔ พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว โปรดให้มีการเสด็จเลียบพระนคร ทั้งทางบก และทางเรืออีกครั้งหนึ่ง เนื่องจากในปลายสมัยรัชกาลที่ ๓ พระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัว ได้ทรงสร้างและซ่อมแซมเรือพระที่นั่ง และเรือกระบวนไว้ เมื่อพระบรมราชาภิเษกในรัชกาลที่ ๒ รัชกาลที่ ๓ รัชกาลที่ ๕ ถึงรัชกาลปัจจุบัน มีการเสด็จเลียบพระนครทางชลมารคด้วย
การลอยพระประทีปในสมัยรัชกาลที่ ๓ พระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัว ใช้เรือบังลังก์ขนาน ซึ่งมี ๒ ลำ จอดขนานกัน ในเรือบัลลังก์นั้น แต่เดิมลดในกั้นม่านเป็นที่พระบรรทม ที่สรง ที่ลงพระทับคน เครื่องที่สำหรับตั้งนั้นก็มีพระสุพรรณราช และมีขันพระสุธารสอย่างเช่น เสวยพระกระยาหาร ต่อมาในสมัยรัชกาลที่ ๔ พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว รับสั่งให้เลิก ที่สรง ที่พระบรรทมเสีย คงแต่เครื่องพระสุธารส
การจัดเรือพระที่นั่งอีกพิธีหนึ่งที่ปรากฏคือ ในเรือบัลลังก์ทั้งสองลำนั้น กั้นม่านสกัดทั้งหัวเรือ ท้ายเรือ ที่ตรงม่านสกัดหัวเรือท้ายเรือ มีม่านยื่นออกไปในน้ำ บังมิให้เจ้าพนักงานที่อยู่หัวเรือท้าย เรือแลเห็นเข้ามาข้างใน ต่อเมื่อเวลาจะปล่อยเรือกระทง จึงได้ชักม่าน
การป้องกันรักษา มีการล้อมวงในลำน้ำ ทอดทุ่นเป็น ๓ สาย สายในมีแพหอกรายเป็นระยะ เรือประจำทุ่นสายในข้างเหนือน้ำ มีกรมกองตระเวนขวา กรมกองอาสาขวา ประตูกรมพระกลาโหม เจ้ากรมพระตำรวจนอกขวา เจ้ากรมพระตำรวจสนมขวา เรือกรมสรรพากรในสรรพากรนอก ส่วนทางใต้น้ำหัวเรือบัลลังก์ทุ่นสายใน กรมกองตระเวนซ้าย เรือประตูกรมมหาดไทย กรมกองกลาง เจ้ากรมพระตำรวจนอกซ้าย เจ้ากรมพระตำรวจสนมซ้าย เรือทุ่นกรมท่ากลาง ภายหลังเติม เรือทหารทอดสมอสกัดเหนือน้ำ ท้ายน้ำ ขึ้นอีก ข้างเหนือน้ำ กรมทหารหน้า ๔ ลำ ข้าง ใต้น้ำทหารหน้า ๒ ลำ
ทุ่นสายกลางเหนือน้ำ มี เรือทุ่นกรมอาสา จาม ๒ ลำ เรือทุ่นกรมเรือกันขวา เรือสิงโตกรม อาสาใหญ่ขวา เรือสางกรมทวนทองขวา เรือ เหรากรมอาสารองขวา เรือกิเลนกรมเขนทองขวา เรือทุ่นสามพระคลังทอดเชือก อย่างละ ๑ ลำ ส่วนใต้น้ำมี เรือกรมอาสาจาม ๒ ลำ เรือกรมเรือ กันซ้าย เรือสิงโตกรมอาสาใหญ่ เรือสางกรม ทวนทองซ้าย เรือกิเลนกรมเขนทองซ้าย เรือทุ่น สามพระคลังทอดเชือก อย่างละ ๑ ลำ
ที่ทุ่นกลางตรงหน้าบัลลังก์ มีเรือดอกไม้ เพลิง ๒ ลำ เรือพิณพาทย์ เรือกลองแขก เรือเจ้ากรมพระตำรวจใหญ่ มีทั้งเหนือน้ำ ท้ายน้ำ แห่ง ละลำ นอกทุ่นสายกลางมีเรือทหารปืนใหญ่อยู่ นอกทุ่นสายกลาง เหนือน้ำ และท้ายน้ำ แห่งละลำ
จะเห็นได้ว่าการจัดสายเรือทอดทุ่นนี้ก็ เป็นการจัดกระบวนเรือ ที่คล้ายกับกระบวนเสด็จพยุหยาตราชลมารค และบรรดาเรือของข้าราชการ จากกรมต่างๆ เช่นเดียวกับในกระบวนเสด็จ พยุหยาตราชลมารคอีกเช่นกัน
กระทงหลวงซึ่งสำหรับทรงลอยที่มีมาแต่ เดิมนั้น คือเรือรูปต่างๆ เรือศรี เรือไชย เรือโอ่ เรือคอน และมีเรือหยวก ใน พ.ศ. ๒๓๖๘ และ พ.ศ. ๒๓๖๙ พระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัว โปรดให้พระบรมวงศานุวงศ์ ข้าราชการ ทำ กระทงใหญ่ถวาย และมีมาตลอดรัชกาล ซึ่งการ ทำกระทงนี้ต้องลงทุนมาก ครั้นถึงรัชกาลที่ ๔ พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ทรงว่า เปลืองเงินมาก จึงโปรดให้ยกเลิก และภายหลังจึงโปรดให้มีเรือพระที่นั่งอนันตนาคราช และเรือไชยแต่งแทนกระทงใหญ่สองลำ ในบุษบกเรือ พระที่นั่งอนันตนาคราช ตั้งพระพุทธสิหิงค์น้อย เรือไชยสำหรับตั้งพานพุ่มไม่มีเครื่องมนัสการ ต่อมาในรัชกาลที่ ๕ พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ทรงใช้เรือพระที่นั่งสุพรรณหงส์แทนเรือไชย
นี่เป็นหลักฐานอีกอย่างหนึ่งถึงการใช้เรือพระที่นั่ง และเรือกระบวนในงานอื่นนอกเหนือ ไปจากงานเสด็จพระยุหยาตราชลมารค ซึ่งจะเปรียบ เทียบได้กับกระบวนแห่พระกฐินพยุหยาตรา ชลมารคในรัชกาลที่ ๓ เช่นเดียวกัน หรือเปรียบ เทียบได้กับกระบวนเสด็จเลียบพระนครทาง ชลมารคในรัชกาลที่ ๔ พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว
ในการเสด็จพระราชดำเนินโดยกระบวนพยุหยาตราชลมารคนั้น จะมีการเห่เรือในกระบวนเรือดังที่กล่าวมาแล้ว บทเห่จะแต่งเป็น คำร้อยกรองที่เรียกว่า กาพย์เห่เรือ ไทยเรามีการ เห่เรือเป็น ๒ ประเภท คือ แห่เรือหลวง ใช้ในการพระราชพิธี กับเห่เรือเล่น เป็นการเห่ในการท่องเที่ยวชมธรรมชาติ และเป็นการเห่เรือเพื่อความรื่นเริง และเพื่อให้พายได้พร้อมๆ กัน สมเด็จพระเจ้าบรมวงศ์เธอ กรมพระยาดำรงราชานุภาพ ได้ทรง นิพนธ์ว่า การเห่เรือหลวงเห็นจะเป็นมนต์ในตำรา ไสยศาสตร์ซึ่งพราหมณ์ใช้สวดบูชาพระราม ว่า โอม รามะ เมื่อแพร่เข้ามาคำก็เลือนไป การเห่ มี ๓ อย่างคือ สวะเห่ ช้าลวะเห่ และมูลเห่ การ เห่เรือเล่นจะประกอบกับกระบวนพายเรือ ใช้ ๒ จังหวะ คือ จังหวะจ้ำ กับ จังหวะปกติ เมื่อ พายจ้ำ ฝีพายจะร้องพร้อมกันว่า หุยฮาโห่ฉิ้ว หรือ มาละเหวยมาละวา หรือ สาระพาเฮโล ส่วนบทเห่ปกติ ใช้บทเห่แบบร้อยกรอง
บทเห่เรือเล่นที่ทราบกันดี คือ บทเห่เรือ ซึ่งเจ้าฟ้าธรรมาธิเบศร์ทรงนิพนธ์ขึ้นในรัชสมัยสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวบรมโกศ อันเป็นการนำบทเห่เรือเล่นมาใช้เห่ เรือกระบวนหลวงในสมัยรัชกาลที่ ๔ พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวด้วยบทเห่เรือ หลวงเดิมนั้นไม่เป็นที่ทราบแน่ชัด บทเห่เรือของ เจ้าฟ้าธรรมาธิเบศร์เป็นการพรรณนาชมริ้วกระบวนเรือซึ่งนอกจากมีความ ไพเราะด้านวรรณกรรมแล้ว ยังมีประโยชน์ให้ทราบชื่อเรือพระที่นั่งในสมัย อยุธยาด้วย
รัชสมัยสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวบรมโกศ มีเรือ พระที่นั้งกิ่งรัตนพิมานไชย เรือสรมุข เรือสมรรถไชย เรือสุพรรณหงษ์ เรือไชย และเรือรูปสัตว์ เช่น เรือ ครุฑยุดนาค เรือคชสีห์ เรือราชสีห์ เรือม้า เรือสิงห์ เรือนาคา เรือมังกร เรือเลียงผา เรือนกอินทรี เป็นต้น
อย่างไรก็ดี กระบวนพยุหยาตราชลมารค ได้มีการจัดกระบวนแตกต่างกันไปเป็นหลายอย่าง ขึ้นอยู่กับว่า เสด็จไปในการใด ซึ่งได้มีพัฒนาการมา ตั้งแต่รัชสมัยสมเด็จพระเจ้าปราสาททองเป็นอย่างช้า