การใช้ประโยชน์พื้นที่ป่าชายเลน เพื่อการประมงชายฝั่ง เช่น ทำนากุ้ง หรือขุดบ่อเลี้ยงปลานั้น มักจะก่อให้เกิดปัญหาเกี่ยวกับการลงทุนด้านเศรษฐกิจ และผลผลิตที่ได้จะคุ้มกับการลงทุนหรือไม่ ปัญหาที่ตามมาคือ การเสื่อมสภาพของป่าชายเลน ซึ่งส่งผลกระทบถึงผลผลิตการประมงชายฝั่งในระยะยาว การทำนากุ้งในบริเวณชายฝั่งทะเล ในประเทศไทย โดยเฉพาะในอ่าวไทยในรอบ ๑๕ ปีที่ผ่านมา พบว่า พื้นที่ที่ขยายทำนากุ้ง เพิ่มขึ้นอย่างมากในช่วงระยะเวลาดังกล่าว โดยเฉพาะบริเวณจังหวัดเพชรบุรี สมุทรสงคราม สมุทรสาคร สมุทรปราการ และฉะเชิงเทรา พื้นที่ขยายทำนากุ้ง หรือทำบ่อเลี้ยงปลาในบางแห่งนั้น เป็นพื้นที่ป่าชายเลน ทั้งที่เป็นป่าธรรมชาติ และป่าเสื่อมสภาพรวมอยู่ด้วย ซึ่งเป็นที่น่าสังเกตว่า ถึงแม้พื้นที่สำหรับการเลี้ยงกุ้งจะเพิ่มขึ้นอย่างมาก แต่ผลผลิตกุ้งไม่ได้เพิ่มขึ้น ตามสัดส่วนกับพื้นที่ที่เพิ่มขึ้นเลย อาจสรุปได้ว่า เราเสียประโยชน์มากกว่าได้รับประโยชน์หรือไม่ โดยเฉพาะการเสื่อมสภาพของพื้นที่ป่าชายเลนในปัจจุบัน พื้นที่เลี้ยงกุ้งเหล่านี้ก็ถูกทิ้งร้างว่างเปล่า หรือเปลี่ยนสภาพเป็นนาเกลือ เป็นหมู่บ้านจัดสรร และโรงงาน การทำนากุ้ง หรือขุดบ่อเลี้ยงปลา ทำให้พื้นที่ป่าชายเลนบางส่วนต้องสูญเสียไป เนื่องจากการตัดถางป่า นอกจากนี้ การขุดเป็นบ่อ มีคันดินกั้นน้ำต่างๆ ทำให้เกิดการเปลี่ยนแปลงทิศทางการไหล และการขึ้นลงของน้ำทะเล ซึ่งจำเป็นต่อการเติบโตของพรรณไม้และสัตว์บางชนิดในป่าชายเลน โดยเฉพาะอย่างยิ่ง ถ้าบริเวณดังกล่าวมีการขุดคลองชลประทาน เพื่อที่จะนำน้ำจืดลงสู่บริเวณป่าชายเลน ก็จะทำให้ความเค็มของน้ำในบริเวณนั้นเปลี่ยนแปลงไป ซึ่งส่งผลกระทบถึงการปรับตัวของพรรณไม้ และสัตว์นานาชนิดที่อาศัยอยู่ในบริเวณป่าชายเลน