การปรับปรุงพันธุ์
แม้ว่าเราจะนิยมขยายพันธุ์ไม้ผล โดยวิธีไม่ใช้เพศ เช่น การตอน การติดตา ทาบกิ่ง หรือการ แยกหน่อ โอกาสที่พืชเหล่านั้นจะเสื่อมพันธุ์ก็มีได้ เหมือนกัน เช่น อาจได้รับเชื้อไวรัส ซึ่งพืชบางชนิด เช่น ส้ม เมื่อได้รับเชื้อไวรัส กว่าจะแสดงอาการเสื่อมพันธุ์ก็ใช้เวลาหลายปี พืชบางชนิดเมื่อปลูกนานๆ เข้าจะกลายพันธุ์ไปในทางเลว เช่น สับปะรด ผลที่เกิดมาจะมีลักษณะผิดปกติ ชาวสวนเรียกว่า "สับปะรดบ้า" ซึ่งผลจะแผ่แบนออกคล้ายพัด และมีจุกเป็นจำนวนมาก ไม่มีประโยชน์ในทางเศรษฐกิจ และลักษณะนี้สามารถถ่ายทอดไปสู่ลูกหลานได้ ดังนั้นเพื่อให้พันธุ์ไม้ผลคงลักษณะดีไว้ หรือเพื่อปรับปรุงพันธุ์เดิมให้ดีขึ้น จึงจำเป็นต้องมีการปรับปรุงพันธุ์
การปรับปรุงพันธุ์ไม้ผล อาจทำได้โดยการคัดพันธุ์ หรือการผสมพันธุ์ การคัดพันธุ์เป็นการกำจัดลักษณะเลวของพันธุ์พืช และเลือกเอาแต่พันธุ์ที่มีลักษณะดีเอาไว้ การคัดพันธุ์อาจทำได้โดย คัดจากแต่ละต้นภายในพันธุ์เดียวกัน หรืออาจทำได้โดยปลูกพืชแต่ละพันธุ์เป็นจำนวนมาก แล้วคัดเลือกเอาแต่ต้นที่มีลักษณะดีไว้ แล้วนำมาทดสอบ เพื่อให้ได้ลักษณะที่ต้องการต่อไป
ได้กล่าวมาแล้วว่า พืชสามารถเสื่อมลักษณะ ลงได้ คือ กลายเป็นพันธุ์ใหม่ที่มีลักษณะไม่ดี อย่าง ไรก็ตาม การกลายพันธุ์นี้อาจทำให้ได้พันธุ์ที่ดีกว่าเดิมก็เป็นได้ นอกจากนี้เราอาจได้พันธุ์ดีมาจากการเพาะเมล็ด ตัวอย่างเช่น มะม่วงพันธุ์ "สายฝน" ได้มาจากการเพาะมะม่วงพันธุ์ "เขียวเสวย" เป็นต้น
ถ้าไม่สามารถคัดพันธุ์ที่มีลักษณะที่ต้องการ จากพันธุ์ที่เรามีอยู่แล้ว วิธีการอีกอย่างในการหาพันธุ์ใหม่ คือ การผสมพันธุ์ ซึ่งเป็นการรวมเอาลักษณะดีต่างๆ จากหลายพันธุ์มารวมไว้ในพันธุ์ใหม่ เช่น สมมุติว่า เรามีพันธุ์ไม้ผลที่ปลูกเป็นการค้าอยู่ชนิดหนึ่ง แต่ยังขาดลักษณะสำคัญบางอย่าง เราก็หาลักษณะที่ขาดไปนั้นจากพันธุ์พืชอื่นๆ ในพืชชนิดเดียวกันนี้โดยการผสมข้าม เพื่อให้เกิดลูกผสมพันธุ์ใหม่ที่มีลักษณะที่เราต้องการ